Durch muskulöse Bewegungen wird der Darminhalt regelmäßig durchmischt, peristaltische Bewegungen schieben ihn in Richtung Enddarm. Dieser hat eine Länge von nur etwa 20cm und stellt den letzten Abschnitt des Verdauungstraktes dar. Hier befinden sich die unverdaulichen Nahrungsreste, bevor sie als Stuhl über den After ausgeschieden werden. Der Stuhl enthält mit 60 bis 90% immer noch relativ viel Wasser. Seine Trockensubstanz besteht zur Hälfte aus Bakterien und zu einem Viertel aus abgestoßenen Darmwandzellen. Nur das restliche Viertel wird von unverdaulichen Nahrungsbestandteilen gebildet.

Eine der häufigsten Verdauungsbeschwerden ist Durchfall. Man versteht darunter, dass der Stuhl mehrmals am Tag wässrig-flüssig ist. Dadurch kommt es zu einem starken Flüssigkeitsverlust; der Körper verliert neben Wasser auch wichtige Mineralstoffe. Durchfall kann die verschiedensten Ursachen haben, meist sind Infektionen durch Bakterien oder Viren dafür verantwortlich.

Ist der Stuhl ungewöhnlich hart und die Darmentleerung erschwert, spricht man von Verstopfung. Gründe können ballaststoffarme Ernährung, zu wenig Bewegung, zu geringe Flüssigkeitszufuhr, aber auch psychische Ursachen, Darmerkrankungen oder Nebenwirkungen von Medikamenten sein. Linderung verschafft oft schon das Trinken von ein bis zwei Gläsern Wasser mit etwas Zitronensaft vor dem Frühstück.

Starke Schmerzen in der rechten Bauchhälfte können auf eine Blinddarmentzündung hindeuten. Die Bezeichnung ist eigentlich nicht ganz richtig, denn bei dieser Erkrankung ist nicht der ganze Blinddarm, sondern lediglich der kleine Wurmfortsatz betroffen. Bei Kotstauung an dessen offenem Ende kann es zu einer schmerzhaften Entzündung kommen.