cDNA-Chips - Herstellung und Anwendung

Der fertig hybridisierte cDNA-Chip wird in einen Laser-Scanner gebracht. Dieser regt durch Laser der entsprechenden Wellenlänge die an die cDNA-Stücke gebundenen Fluoreszenzfarbstoffe auf dem Chip an. Dabei leuchtet ein Spot umso stärker, je mehr cDNA gebunden ist, d.h. je mehr cDNA-Stücke mit entsprechender Sequenz im Ausgangsmaterial waren. Die Fluoreszenzintensität der Spots wird vom Scanner eingelesen. Mit Hilfe eines Computer-Programms können die Bilder ausgewertet werden.

Will man die Genexpression in zwei verschiedenen Geweben miteinander vergleichen, kann man für jedes Gewebe einen anderen Fluoreszenzfarbstoff benutzen (zum Beispiel einen, der grün fluoresziert, und einen, der rot fluoresziert). Die cDNA von beiden Geweben wird dann gleichzeitig auf den Chip zum Hybridisieren gegeben. Anschließend werden im Scanner die beiden Farbstoffe mit den entsprechenden Wellenlängen angeregt. Je nach dem, in welchem Gewebe ein Gen exprimiert wurde, gibt es anschließend dunkle Spots (in keinem Gewebe vorkommende Sequenz), rote bzw. grüne (jeweils nur in einem der beiden Gewebe vorkommende Sequenz) und gelbe Spots (wenn die Sequenz in beiden Geweben exprimiert wurde: rot + grün = gelb). Das nebenstehende Bild stammt von einem Vergleich der Expressionsmuster zweier Gewebe.