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cDNA-Chips - Herstellung und Anwendung |
Allgemeines
DNA-Chips sind zum Beispiel Glas-Objektträger (gleiche Größe wie die vom Mikroskopieren), auf denensich viele (bis zu 70 000) kleine "Punkte" (Spots) mit kurzen DNA-Stücken befinden. Dabei enthält jeder einzelne Spot viele DNA-Abschnitte identischer Sequenz. Diese Sequenz ist meist von Spot zu Spot unterschiedlich.Andere Bezeichnungnen für DNA-Chips sind Bio-Chip oder DNA-Microarray. Der Begriff "Chip" wurde gewählt, weil sehr viele Informationen auf sehr geringem Raum gespeichert werden können, ähnlich wie bei Computer-Chips. Es gibt verschiedene Methoden, die sich durch die Herkunft der DNA-Stücke auf dem Chip unterscheiden: Zum einen kann es sich um Oligo-Nukleotide handeln (z.B. 50 Nukleotide lange Stücke), die entweder de novo synthetisiert und dann auf den Objektträger gebracht werden. Die Oligo-Nukleotide können auch direkt auf dem Objektträger synthetisiert werden. Bei einer weiteren Methode werden längere cDNA-Stücke verwendet (ca. 2000-3000 Nukleotide lang), die auf den Objektträger aufgebracht werden. Diese Methode wird im Folgenden beschrieben (daher die Bezeichnung cDNA-Chips).
Vorbereitung - Wo kommt die DNA für den cDNA-Chip her?
Aus einer cDNA-Datenbank werden die Bakterien-Klone ausgewählt, welche die gewünschten DNA-Sequenzen enthalten. Diese cDNA-Sequenzen werden dann mit Hilfe der PCR vervielfältigt.
Pipettieren: Filmsequenz (1,9 MB; aus dem Film "cDNA Microarrays for Gene Expression Analysis", G. Sawitzki et al., Heidelberg 2001). Man sieht, wie aus einer Mikrotiter-Platte mit 384 Vertiefungen (in denen die Bakterien vermehrt wurden) in eine Platte mit 96 Vertiefungen für die PCR pipettiert wird.
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